Houten kozijnen worden veelal toegepast vanwege klassieke uitstraling en karakter. Meestal worden ze vervaardigd uit tropisch hardhout, zoals Meranti. Tegenwoordig wordt vanuit milieu-oogpunt vaak gekozen voor "groene meranti" voorzien van het FSC-keurmerk, het Keurhout-logo en het KOMO-keurmerk. Hout kozijnen met een FSC-keurmerk komen gegarandeerd uit duurzaam beheerde bossen. Andere gebruikte houtsoorten zijn vuren, grenen, lariks, robinia, sapupira. Houten kozijnen kennen een aantal voordelen. Houten kozijnen zijn minder onderhoudsarm, hebben voldoende isolatie vanuit zichzelf, vallen op door hun klassieke uitsraling en zijn eenvoudig te beschilderen.